Shinobi (ou Ninja; Kunoichi para as mulheres) são seres humanos conhecidos por manipular Chakra, que é nada mais que a junção da energia física e espiritual do ser humano, para utilizar várias técnicas diferentes, como transformar-se em algo ou alguém, controlar a água e criar ilusões. Shinobis geralmente estão vinculados a uma aldeia oculta ou um clã especializado em tal assunto, realizando missões de acordo com o seu nível de força em troca de alguma recompensa. Estas missões podem incluir: fazer trabalho manual, agir como escoltas, coletar informações secretas, recuperar itens roubados, realizar assassinatos, etc. Em tempos de guerra, os Shinobis são reunidos para defender suas terras, como um verdadeiro exército. Um Shinobi deve, acima de tudo, mostrar lealdade e fidelidade a sua aldeia ou clã.

O palco principal da nossa história localiza-se nas Cinco Grande Nações Ninja, composto pelo País do Fogo, comandado por Konohagakure e o Hokage, País do Vento, comandado por Sunagakure e o Kazekage, País da Água, comandado por Kirigakure e o Mizukage, País da Terra, comandado por Iwagakure e o Tsuchikage e o País do Relâmpago, comandado por Kumogakure e o Raikage. Há muitos anos, as Cinco Nações viveram em um próspero momento de paz, levemente abalado por questões territoriais, mas ainda unido e forte.

Entretanto, a última geração não conheceu tal época. Há anos, graças à entrada dos novos Tsuchikage, Kazekage, Mizukage e certo apoio do atual Raikage, as Cinco Nações entrou em guerra. Nenhuma das vilas cedeu ou pareceu querer apoio umas das outras, gerando apenas derramamento de sangue em ambos os lados. A nossa história foca-se na única vila que não apoiava a guerra, mas não teve escolha além de ingressar com tudo para proteger o seu território: Konohagakure.

Assim como em todas as vilas, Konohagakure também tivera inúmeras baixas em seu exército, mas diferente das outras, não pensava apenas no agora. Em tempos de guerra, as Academias Ninja, que formavam novos shinobi, foram esquecidas por não haver tempo ou necessidade para treinar crianças que provavelmente morreriam no momento em que pusessem o primeiro pé para fora da vila. Mas Senju Arashi, o 2º Hokage, não pensava assim. Mesmo em tempos tão difíceis e contrariado pela maioria dos shinobi do alto escalão que diziam ser loucura e desperdício de esforço, Arashi continuou o treinamento de novos shinobi até a sua formatura, porém, pela falta de pessoal por conta da guerra, o antigo sistema de times formado por três Gennin e um Jounin teve de ser disseminado, portanto, os formandos não receberam qualquer treinamento após a graduação. Determinado a confiar na nova geração que, indiretamente, sofria pela guerra, Arashi, ainda contrariado, passou a enviar os novos Gennins em missões cada vez mais perigosas, vendo que estas pareciam crescer mais e muito mais rápido se expostas a tais perigos, além de polir habilidades escondidas que possuíam grande potencial. Não demorou para que elas se tornassem Chunnin e alguns até mesmo Jounin, mostrando ainda mais eficiência e habilidades notáveis.

Entretanto, mesmo com o novo e próspero poderio, a vila de Konohagakure não pôde permanecer parente aquilo. Em certo momento, logo após o time de Chunnins ter retornado de uma missão de resgate (a qual envolveu a aquisição de duas bijuus seladas nos jinchuurikis Sumizoku Kai e Uzumaki Guren), Konohagakure fora invadida por ninjas de Kumogakure, no País do Relâmpago. O ataque, mesmo poderoso e organizado, não causou tantos danos na vila, sendo rechaçado com certo esforço, mas o que veio foi ainda pior. Nada, nem ninguém, poderia imaginar que mais duas bijuus apareceriam nos portões da vila. Os esforços foram inúteis e, em poucas horas, grande parte de Konohakure fora devastada, assim como os cidadãos, assassinados. Não houveram sobreviventes, os clãs foram extintos e Senju Arashi, o Hokage, sacrificou-se para conseguir destruir a Kyuubi, enquanto a outra bijuu, Nibi, apenas desapareceu dos terrenos da vila.

Entre os sobreviventes do ataque, estavam apenas o seleto grupo de crianças recém graduadas e os Jounins Nara Misaki, Ryuuji, Yamanaka Emiko e Uzumaki Guren. Desolados pelas perdas, quase desistiram das próprias vidas enquanto refugiavam-se na Floresta da Morte, entretanto, Ryuuji, tomado pela Vontade do Fogo, convenceu a todos que não deveriam desistir e, após isso, com a ajuda de Misaki e Uchiha Shiro, formaram um plano para tomar Kumogakure, enfraquecida pelo poder militar reduzido graças às bijuus. O time então rumou para o País do Relâmpago, invadindo a Nuvem e, com muito esforço e uma colossal batalha entre Ryuuji e o Raikage, Muramano Katra, tomaram Kumogakure para si, instalando o novo regime no país e o renomeando de Shinhõgakure no Sato, a Noba Vila do Fogo Oculto, tendo como seu Hokage o ANBU Ryuuji.

Após muito esforço, Shinhõgakure foi aceita pelo povo do País do Relâmpago, acreditando que a única forma de escapar da guerra que devastava as Cinco Nações era aceitar o novo regime, acreditando que seriam protegidos pelos poderosos shinobi que, sozinhos, tomaram uma nação inteira para si. Entretanto, após dois anos da criação de Shinhõgakure, a guerra não diminuiu, e o repentino interesse de Iwagakure no Sharingan e os boatos de uma aliança entre Sunagakure e Kirigakure, apenas aumentam a tensão no campo de guerra.